Centro de Biotecnología Genómica del IPNThe RI-CBGIPN digital repository system captures, stores, indexes, preserves, and distributes digital research material.http://rdcb.cbg.ipn.mx:802023-11-04T02:11:31Z2023-11-04T02:11:31ZValoración de la situación productiva y variabilidad genética en sistemas de producción de bagre de canal Ictalurus punctatus (Rafinesque, 1818) en MéxicoLARA RIVERA, ANA LAURAhttp://rdcb.cbg.ipn.mx/handle/20.500.12273/7612020-07-23T22:06:09Z2015-11-01T00:00:00ZTitle: Valoración de la situación productiva y variabilidad genética en sistemas de producción de bagre de canal Ictalurus punctatus (Rafinesque, 1818) en México
Author: LARA RIVERA, ANA LAURA
Contributor: PARRA BRACAMONTE, GASPAR MANUEL
Abstract: El bagre de canal, Ictalurus punctatus es uno de los peces dulceacuícolas con mayor presencia en la acuacultura a nivel mundial. México es sitio de origen de 10 especies del género Ictalurus, de las cuales únicamente I. punctatus se aprovecha comercialmente. El presente trabajo representa un esfuerzo por caracterizar al bagre de canal mexicano.
El primer capítulo consiste en una revisión de bibliografía en referencia a la presencia, producción y movilización de bagre de canal en México. En este capítulo se recopila la información obtenida como producto del contacto con los productores más importantes de bagre en el país, se realiza un análisis de la acuacultura de la especie y se destacan las ventajas y áreas de oportunidad del sistema productivo. Los capítulos subsecuentes abordan el uso de herramientas moleculares para el estudio de diversas poblaciones de bagre. El capítulo 2 describe el uso del código de barras de ADN para la identificación de peces del género Ictalurus en diversos cuerpos de agua mexicanos. En el tercer capítulo se describe la estructura poblacional y la diversidad genética del bagre de canal en aguas continentales de México y se analiza la situación ecológica del bagre de canal en México desde perspectivas ecológicas. Por último, en el capítulo se 4 presenta un análisis de las poblaciones domésticas más importantes de bagre de canal en México, analizando los principales indicadores de diversidad genética y la estructura de las mismas, así como las implicaciones para la acuacultura.
La presente tesis consiste en una extensa recopilación de información referente al bagre de canal en México y un análisis sobre la situación actual de la acuacultura de la especie en la actualidad. La información genética que se reporta en las siguientes páginas supone la base sobre la cual pueden plantearse los inicios de programas de mejoramiento genético de peces domésticos y planes de manejo y aprovechamiento para las poblaciones silvestres de bagres mexicanos.2015-11-01T00:00:00ZLevaduras fructofílicas del mezcal: aplicación como cultivo iniciador para el uso en la industria de bebidas alcohólicasDE LA TORRE GONZALEZ, FRANCISCO JAVIERhttp://rdcb.cbg.ipn.mx/handle/20.500.12273/7602020-07-23T21:57:51Z2015-12-01T00:00:00ZTitle: Levaduras fructofílicas del mezcal: aplicación como cultivo iniciador para el uso en la industria de bebidas alcohólicas
Author: DE LA TORRE GONZALEZ, FRANCISCO JAVIER
Contributor: LARRALDE CORONA, CLAUDIA PATRICIA
Abstract: En diferentes partes del mundo, las bebidas alcohólicas tienen un papel importante en la vida diaria. El consumo moderado en un entorno social es visto como una práctica benéfica para el cuerpo y el alma. Diversos microorganismos realizan la transformación de los azucares a etanol, aunque su producción es normalmente atribuida a Saccharomyces cerevisiae. Sin embargo, la microbiota nativa de bacterias y levaduras le confieren rasgos organolépticos producidos por alcoholes superiores, enzimas extracelulares, precursores de aromas y compuestos de alto peso molecular que constituyen o participan en el aroma característico de las bebidas de cada región confiriendo el sabor único y especifico de cada bebida.
En este trabajo en primer lugar se puso a punto una técnica microbiológica rápida para cuantificar la tolerancia de las levaduras a diferentes tipos de estrés en un medio de agar, y la cual fue probada con todo el cepario de levaduras del mezcal LBI-CBG, para seleccionar aquellas con la mayor tolerancia global como candidatas para el diseño de inoculantes para bebidas alcohólicas específicas, tomándose como modelos el vino y el tequila por ser bebidas contrastantes en cuanto a la concentración inicial de hexosas totales y en su relación inicial de glucosa y fructosa en sus mostos, además de contar, en el caso del mosto de Agave tequilana, con la presencia de compuestos altamente inhibidores como el furfural.
Con aquellas cepas seleccionadas por su grado de tolerancia al estrés (e incluyendo al menos una representante de las 10 especies diferentes del cepario) se caracterizó cinéticamente, en un sistema modelo de microfermentación de tubos de 50 ml tipo falcon con tapa de rosca con 4 orificios cubiertos por una membrana hidrofóbica estéril, usando inóculos de manera individual y en mezclas, cuantificando el uso azucares en distintos tipos: sintético tipo mosto de uva (M3), mosto de uva real, sintético tipo mosto de agave (M2) y mosto real de Agave tequilana, donde se analizaron las cinéticas de metabolitos primarios y secundarios, así como la viabilidad y dinámica celular de los cultivos mixtos de aislamientos nativos de Saccharomyces cerevisiae, Kluyveromyces marxianus, y Torulaspora delbrueckii, que fueron las especies más productivas y con los mejores perfiles aromáticos. Se observó que en las primeras horas de cultivo el crecimiento de las 3 especies es similar, sin embargo, después de 24 h de fermentación, las cepas de S. cerevisiae comienzan a predominar, mientras que las otras 2 especies permanecen viables aunque en baja concentración hasta el final de la fermentación. Este trabajo constituye uno de los primeros reportes de caracterización de la tolerancia al estrés y su relación en los perfiles de producción de compuestos primarios y volátiles y su uso para evaluar el desempeño de cultivos mixtos en mostos reales (uva y agave) de las tres principales especies levaduras aisladas de la elaboración del mezcal tamaulipeco, con potencial de ser utilizadas en inóculos de uso industrial en la producción de bebidas alcohólicas, para lo cual se propone una metodología de selección de las levaduras a utilizar en el inóculo (starter).2015-12-01T00:00:00ZAnálisis del complejo proteico asociado a la proteína homóloga de actina (MreB) en Helicobacter pyloriZEPEDA GURROLA, REYNA CRISTINAhttp://rdcb.cbg.ipn.mx/handle/20.500.12273/7592020-07-17T21:39:58Z2018-06-01T00:00:00ZTitle: Análisis del complejo proteico asociado a la proteína homóloga de actina (MreB) en Helicobacter pylori
Author: ZEPEDA GURROLA, REYNA CRISTINA
Contributor: GUO, XIANWU
Abstract: La bacteria Helicobacter pylori presenta una prevalencia mundial mayor al 50%. El patógeno es uno de los agentes etiológicos de gastritis crónica, úlcera péptica y úlcera duodenal. Además es considerado un agente cancerígeno por la OMS. A diferencia del resto de bacterias, en H. pylori la proteína del citoesqueleto homóloga a actina, MreB, no participa en la morfogénesis celular. Sin embargo, esta proteína disminuye la actividad de la ureasa. Actualmente, el complejo de proteínas asociadas a MreB no ha sido analizado en H. pylori, por lo que esta investigación tiene como finalidad estudiarlo por primera vez y analizar el papel de esta proteína en la patogénesis de H. pylori. En la presente investigación se identificaron mediante “pull-down” asociado a espectrometría de masas, 86 proteínas de interacción con MreB de H. pylori 26695, entre las que figuraron 9 factores de virulencia (UreB, VacA, ThrC, HydB, HylB, KatA, TsaA, GroEL y SpeA). Se confirmó in vitro usando la técnica de doble híbrido en bacteria, la interacción de MreB con 6 proteínas del complejo (UreB, VacA, HydB, HylB, AddA y MreB) y se descartó la interacción con MreC. Además, se determinaron in silico las interfaces de interacción de MreB con UreB y VacA. El conjunto de resultados fue congruente con la hipótesis que supone que MreB de H. pylori, podría tener un papel en la patogénesis de la bacteria.2018-06-01T00:00:00ZAnálisis de genoma completo y predicción genómica para caracteres complejos en bovinos CharolaisJAHUEY MARTÍNEZ, FRANCISCO JOELhttp://rdcb.cbg.ipn.mx/handle/20.500.12273/7582020-07-17T20:35:36Z2018-06-01T00:00:00ZTitle: Análisis de genoma completo y predicción genómica para caracteres complejos en bovinos Charolais
Author: JAHUEY MARTÍNEZ, FRANCISCO JOEL
Contributor: PARRA BRACAMONTE, GASPAR MANUEL
Abstract: En ganado bovino, las características de importancia productiva son caracteres complejos, es decir, son influenciados por factores genéticos y ambientales, por lo que no siguen un patrón de herencia simple. En los sistemas de cría tradicional, el mejoramiento genético de estos caracteres se realiza seleccionando individuos en base a su mérito genético. Sin embargo, las nuevas tecnologías de genotipificación que utilizan miles de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) han traído nuevas oportunidades para el estudio y evaluación genética de animales domésticos a través del método denominado “genoma completo”. Este trabajo comprende el análisis genómico (mapeo genético y predicción) de características de importancia productiva en ganado bovino Charolais mediante el uso de un panel de 77 mil SNP. En el capítulo I se describe el mapeo genético de características de crecimiento (pesos corporales) mediante análisis de asociación de genoma completo (GWAS, por sus siglas en inglés). En este primer estudio se lograron identificar 18 marcadores genéticos asociados a las características estudiadas. Algunos SNP identificados mediante GWAS se localizaron cerca de genes funcionalmente relacionados con el crecimiento, entre ellos los genes TRAF6 (Factor 6 receptor asociado a TNF); CDH11 (Caderina 11, tipo 2, OB- caderina (osteoblasto)); KLF7 (Factor 7 tipo Kruppel (ubicuo)); MIR181A-1 (microRNA mir-181a-1); y adicionalmente PRCP (prolilcarboxipeptidasa [angiotensinasa C]), localizados en los cromosomas 15; 18; 2; 16; y 29, respectivamente. En el capítulo II se muestran los resultados de la identificación de señales de selección (GWSS, por sus siglas en inglés) mediante análisis de haplotipos. En este estudio se identificaron 10 SNP localizados en los cromosomas 1, 4, 6, 7 y 14. Particularmente, las señales de selección identificadas en los cromosomas 6 y 14 corresponden a regiones comúnmente reportadas en la literatura conteniendo locus (NCAPG-LCORL y PLAG1) asociados a una amplia variedad de características de importancia productiva, entre ellas el crecimiento. Tres nuevas regiones bajo selección se reportan en este estudio para ganado bovino Charolais, las cules se localizan en 131.4-133.5 Mb, 51.8-60.3 Mb y 28.2-31.1 Mb de los cromosomas 1, 4 y 7, respectivamente. En estas regiones destacaron los genes CAV1 (caveolina 1), CAV2 (caveolina 1), MDFIC (proteína que contiene el dominio inhibidor MyoD), IFDR1 (regulador del desarrollo 1 relacionado a interferón) y ZNF608 (proteína dedo de cinc 608). Finalmente, en el capítulo III se describen los resultados del análisis de predicción de características de crecimiento mediante los métodos GBLUP, BayesC y SSBR. Este último estudio mostró que la exactitud de predicción de los métodos genómicos no fue superior a la obtenida mediante BLUP (método basado en el pedigrí). En este estudio diferentes factores como la estructura de los datos, el tamaño de la población y la calidad de las variables de respuesta pudieron haber influído en el desempeño de los marcadores genéticos para predecir las características fenotípicas.2018-06-01T00:00:00Z